Zoéga föddes som Carl Zoéga i Sireköpinge i västra Skåne som son till lantbrukaren Ludwig Christian Zoéga och Margretha Cathrina Aarslev. När Carlos var 21 år flyttade fadern till Brasilien med de flesta av familjens barn. Carlos mor stannade i Landskrona. I Brasilien försörjde sig fadern som boskapsuppfödare. Det var där som Carlos fick smak för kaffe och det var troligen i Brasilien som han bytte förnamn till Carlos. Inte långt efter flytten, 1873, avled fadern och Carlos startade därefter en egen kaffehandel där han ansamlade sig sin kunskap om kaffebönor. Efter några år,1881, flyttade Carlos tillbaka till Sverige och Landskrona. I bagaget hade han kaffebönor till ett värde av 6 000 kronor. I Landskrona köpte han kaffebrännare, kaffekvarn, diskvåg och förvaringsdosor, och snart öppnade han en kaffehandel med mörkrostat kaffe som specialitet. Strax därefter träffade han fotografen Maria Tufvesdotter Thunell, och de gifte sig den 28 augusti 1885. Efter att parets dotter Clara-Maria fötts, flyttade hela familjen till Helsingborg 1886. Maria lämnade över sin fotografiateljé till sin yngre syster och började istället engagera sig mer i kaffehandeln. I Helsingborg startade de Helsingborgs Patent-Kaffe-Rosteri, beläget på Kullagatan 27. Familjen hade sin butik i bottenplanet, bostad på våningen över och kaffebrännaren på vinden (där även kaffebönorna lagrades).
Medan Maria var gravid med parets andra barn insjuknade Carlos dock plötsligt den 17 april 1888 och avled redan samma dag, endast 37 år gammal. Den 2 juni samma år föddes sonen Carl Thure, som avled i plötslig spädbarnsdöd endast en månad efter sin födsel. Carlos ligger begravd tillsammans med sin son på Nya kyrkogården i Helsingborg. Hustrun Maria behöll namnet Zoéga och drev vidare kaffehandeln efter Carlos död. Rudolf Zoéga, hennes son med sin andre make, Johan Svensson, var den som utvecklade verksamheten till en mer industriell skala och bildade det nutida Zoégas kaffe.